Nel Palazzo Pretorio di Pistoia, sottoposto a lunghi e numerosi restauri, ha sede dal 1912 il Museo Civico, aperto ufficialmente nel 1858 nel palazzo comunale.
Nel Museo Civico di Pistoia e nell' annessa Galleria Comunale è conservato un notevole gruppo di capolavori del primo rinascimento. Attraverso un percorso di circa 200 opere, tra dipinti (in maggioranza) e oggetti (vetri, maioliche e porcellane, scatole), si apprezza una degna rappresentanza della storia artistica della città: dall’epoca romanica (Pala di San Francesco, di Ignoto), all’epoca giottesca (Compianto di Cristo, di Lippo di Benivieni, Madonna e Santi di Giotto, le Sacre Conversazioni di Lorenzo di Credi), al Seicento (opere di Giacinto Gimignani, pistoiese). Notevole anche la Collezione Puccini, circa settanta opere. Imperdibili per il visitatore del Museo Civico è la visita ad alcune opere di Fra Filippo Lippi, la Natività e la Madonna del ceppo, nonché del figlio Filippino, un trittico di Lorenzo Monaco, oltre ad alcuni lavori robbiani.
La collezione di dipinti custodita nel Palazzo Comunale, la cosiddetta Quadreria, costituisce una sede distaccata delle raccolte del Museo Civico, e risale agli inizi del cinquecento. Nel Palazzo Vescovile ha sede il Museo dell' Opera del duomo nato nel 1967 per ospitare opere provenienti dalla Cattedrale ma anche dalla Cappella della Sacra Cintola.